根据提供的信息，2021年9月入学的大三学生，其本科毕业时间如下：

一、常规毕业时间

四年制本科：

通常在 2025年6月毕业；

特殊情况：

极少数学校可能因课程安排提前至5月结束学业。

二、注意事项

毕业时间差异：

不同院校、专业或学位类型（如普通本科、专科学制）可能存在1-2个月的差异，建议通过教务部门或学信网查询具体时间；

后续深造：

本科毕业后，部分学生选择考研、考博或直接就业，学制可能延长至博士阶段。

三、补充说明

我国高校普遍采用 秋季招生、次年6月毕业的学制模式；

若需确认具体院校的毕业时间，建议提供学校名称以便进一步查询。