根据《汤姆·索亚历险记》第一章内容，波莉姨妈处罚汤姆的主要原因如下：

打架行为

汤姆在街上与一个新搬来的男孩发生争执并动手打架，最终获胜。这种行为违反了家庭纪律，成为波莉姨妈处罚的直接导火索。

逃学现象

汤姆经常逃学，未能按时完成学业任务。姨妈作为监护人，自然会因他的不负责任而感到不满，从而加重处罚力度。

衣物污秽

因打架导致汤姆衣物破烂不堪，形象狼狈。波莉姨妈认为他需要通过劳动来弥补过错，因此安排他刷墙。

综上，波莉姨妈的处罚既包含对汤姆具体不良行为的惩戒（如打架、逃学），也体现了她作为母亲的教育责任与无奈。